Karena Tomato Brown Rugose Fruit Virus menginfeksi tomat dan tanaman lada di seluruh dunia, perusahaan benih sedang bekerja untuk membiakkan tomat yang kebal.
Sumber daya genetik dan genom yang kaya tersedia untuk pemulia tomat bahkan sebelum dimulainya proyek sekuensing genom tomat. Koleksi plasma nutfah tomat besar telah lama dilakukan di beberapa lokasi. Lebih dari 75,000 aksesi tomat dikonservasi di bank gen di seluruh dunia. Salah satu yang terbesar adalah bank gen USDA di Jenewa, NY.
Pengurutan genom tomat dimulai pada tahun 2005 sebagai upaya multinasional antara 14 negara dan diselesaikan pada tahun 2012. Upaya ini telah dipercepat dengan penerapan kecerdasan buatan, pembelajaran mesin, dan algoritme canggih untuk menganalisis data genetik dan fenotipik dalam jumlah besar.
Pan-Genom Tomat
Para peneliti dari Boyce Thompson Institute pada tahun 2020 menciptakan genom referensi berkualitas tinggi untuk tomat liar guna menghasilkan pan-genom tomat yang lebih lengkap dan bermanfaat. Mereka menemukan bagian genom yang mendasari rasa, ukuran dan pematangan buah, toleransi stres, dan ketahanan terhadap penyakit. Berkat teknologi pengurutan mutakhir yang dapat membaca potongan DNA yang sangat panjang, genom referensi lebih lengkap dan akurat daripada database yang ada.
Teknologi pengurutan yang lebih tua yang membaca potongan DNA yang lebih pendek mengidentifikasi mutasi pada tingkat basa tunggal. Namun, mereka tidak pandai menemukan varian struktural seperti penyisipan, penghapusan, inversi atau duplikasi potongan besar DNA.
Pada tahun 2019, sekelompok peneliti internasional membuat genom pan tomat menggunakan urutan genom dari 725 varietas yang mewakili secara filogenetik dan geografis. Database ini mencakup 4,873 gen yang tidak ditemukan dalam genom referensi asli. Analisis variasi saat ini / tidak ada mengungkapkan kehilangan gen yang substansial dan seleksi negatif yang intens dari gen dan promotor selama domestikasi dan perbaikan tomat.
Baca artikel lengkapnya di www.seedworld.com.